Существует несколько видов реализации многосайтовости. Если речь идет о совершенно разных сайтах в разных папках, то данный функционал модуля доступен из коробки. Но, часто многосайтовость завязана на одну папку и по адресу https://domain/sitemap.xml. Так же, в зависимости от домена, должна быть своя карта.

К сожалению, из коробки этот вопрос решить нельзя, он требует ручного вмешательства, так как это решается на уровне настройки веб сервера.

Рассмотрим варианты: